故事发生在频繁发生战争、却不会出现死伤者的异世界舞台，那里的公主们为了拯救国家而从另外的世界召唤来了勇者，并投身进了一次又一次国与国之间的战争中……

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。