第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，…

这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，…

故事讲述了青梅竹马之间、学生会长与不良少女之间、前辈与后辈之间、同学之间等多种不同角色的恋爱群像剧。

“兔子～兔子～”天真地边这么唱着歌，边为了高中入学寻找著寄宿地点而迷路的心爱，意外发现了一间名叫「Rabbit House」的咖啡店。当心爱一边喝着咖啡，一边询问地点时，才发现原来这里就是自己正在寻找的寄宿之家。由于心爱就…

星守——由接受人们的思念而耸立的御神木“神树”所选出的18位少女。她们身为神树峰女学园的学生，过着热闹的学校生活，另一方面，身穿神树授予的“星衣”，为了从威胁和平的神秘侵略者“伊洛斯”手中保护地球而战！