上回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：NEO将带领锡安基地安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗…

故事延续上一集的剧情，机械大军正在集中全力准备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安，另一方面，锡安的人民相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机器之间的战争，但是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦境…

面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，救世主尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到母体中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到母体和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守…