近未来的日本，政府颁布全面禁止体罚学生的法令，但是学校的威严也一落千丈，各种欺凌不公横行学校。为此政府制定了假面教师计划，允许戴着面具的特别教师在荒废的校园里对不服管教的学生施以铁拳惩罚

东京大田区，在羽田机场附近一处可以称之为乡下的地方，有一间叫“九十九堂”的旧书店。书店以漫画为中心搜罗了各种旧书，顾客群广泛。店主九十九樱平静地过着日子。旧书店深处有一间被唤作“休息室”的房间，那里常聚集着一群不知来自何…