小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家…

第六世代的新神奇宝贝们闪亮登场。在近日公开的宣传片中，两大神兽伊维塔尔与泽尼亚斯依次亮相。

“精灵宝可梦”（台译“神奇宝贝”）是生活在这个星球上的不可思议的生物。立志成为精灵宝可梦大师的小智和皮卡丘一起踏上了冒险的旅途。在全新的冒险舞台——“合众地区”（台译“合众地方”），小智和皮卡丘邂逅了新的伙伴艾莉丝、天桐…

击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生…

心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚丽嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路…

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器，并把发掘到的世界最强宠物小精灵复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦…

小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但它却受了伤一动也不动。其实它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝？凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆…

小智一行来到了全新的阿罗拉大陆，迎接小智的是全新的冒险与挑战！究竟这里的精灵和别的地方有什么不一样呢？造成这样的原因又是什么呢？