100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为神奇宝贝之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只神奇宝贝的存在。在这只神奇宝贝后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静……在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了幻之神奇…

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。